（水産動植物の採捕等の禁止）
第一条
次の表の上欄に掲げる水産動植物は、それぞれ同表の下欄に掲げる禁止区域においては、これを採捕してはならない。ただし、試験研究その他の特別の事由により農林水産大臣が許可をした場合は、この限りでない。
표1-1
표1-2
２ 前項の規定に違反して採捕された水産動植物は、所持し、又は販売してはならない。
（輸入防疫対象疾病等）
第一条の二
水産資源保護法（以下「法」という。）第十三条の二第一項の農林水産省令で定める輸入防疫対象疾病は、次の表の上欄に掲げる水産動物の種類に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる伝染性疾病とする。
표2-1
표2-2
표2-3
표2-4
２ 法第十三条の二第一項の農林水産省令で定める水産動物は、前項の表の上欄に掲げる水産動物であつて、次に掲げるものとする。
一 生きている水産動物（食用に供するものにあつては、公共の用に供する水面又はこれに直接排水する施設において保管するものに限る。）
二 生きていない水産動物（加工したものを含み、養殖の用に供するもの（魚粉及び魚油を除く。）に限る。）
（輸入の申請）
第一条の三
法第十三条の二第一項の許可を受けようとする者は、別記様式第一号による申請書を提出しなければならない。
２ 法第十三条の二第二項の農林水産省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。
一 荷受人及び荷送人の氏名又は名称及び住所
二 輸入しようとする水産動物の搭載予定地、搭載予定年月日及び搭載予定船舶名又は搭載予定航空機名
三 輸入しようとする水産動物の仕向地
四 その他参考となるべき事項
（輸入許可証の交付）
第一条の四
法第十三条の二第四項の規定により交付する輸入許可証の様式は、別記様式第二号による。
（管理すべき期間）
第一条の五
法第十三条の三第一項の農林水産省令で定める期間は、次の表の上欄に掲げる水産動物の種類に応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる期間とする。
표3-1
표3-2
표3-3
（管理の方法）
第一条の六
法第十三条の三第一項の農林水産省令で定める方法は、次のとおりとする。
一 管理すべき水産動物を他の水産動物と区別して保管すること。
二 当該水産動物の容器包装に入れられていた水その他の液体又は当該水産動物の飼育用水を排出する場合には、これを消毒すること。
三 前条の管理すべき期間中に当該水産動物をその容器包装又はいけす（以下この号において「容器包装等」という。）から他の容器包装又はいけすに移す場合には、容器包装等を消毒すること。
四 当該水産動物の容器包装を廃棄する場合には、これを焼却又は埋却により行うこと。
五 前条の管理すべき期間中に当該水産動物がへい死した場合には、当該水産動物について、焼却、埋却その他の必要な措置をとること。
（輸入防疫対象疾病の検査）
第一条の七
法第十三条の三第二項の規定により検査を受ける者は、あらかじめ、文書又は口頭により、次に掲げる事項を農林水産大臣に届け出なければならない。
一 水産動物の所有者及び管理者の氏名又は名称及び住所
二 水産動物がかかり、又はかかつている疑いがある輸入防疫対象疾病の種類
三 水産動物の種類
四 水産動物の所在地
五 水産動物が輸入防疫対象疾病にかかり、又はかかつている疑いがあることを発見した年月日時及び発見時の状態
六 その他参考となるべき事項
（身分証明書の様式）
第一条の八
法第十三条の五第二項に規定する身分を示す証明書の様式は、別記様式第三号による。
（通路設置計画等の作成及びその承認）
第二条
法第二十三条第二項の規定による命令を受けた者は、当該命令を受けた日から六十日以内に、左表の上欄に掲げる命令の区分に従い、それぞれ同表の中欄に掲げる事項を記載した計画書に同表の下欄に掲げる書類を添え、農林水産大臣に提出しなければならない。
표4-1
표4-2
（除害工事命令）
第三条
法第二十四条第四項の利害関係人が、同条第一項に規定する除害工事の命令を申請しようとするときは、左の各号に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。
一 申請者の氏名又は名称及び住所
二 工作物の所有者又は占有者の氏名又は名称及び住所
三 工作物の種類、規模及び用途
四 除害工事を必要とする理由
五 除害工事の内容
六 除害工事を命ずるべき時期
七 除害工事によつて当該工作物について権利を有する者のこうむるべき損失
（補償金額決定の通知）
第四条
農林水産大臣は、法第二十四条第三項の補償金額を決定したときは、当該金額及び支払の期限を、当該工作物について権利を有する者に通知するものとする。
２ 農林水産大臣は、法第二十四条第四項の補償金額を決定したときは、当該金額及び支払の期限を当該申請者に通知するとともに、当該金額、支払の期限並びに当該申請者の氏名又は名称及び住所を、当該工作物について権利を有する者に通知するものとする。
（届出の義務）
第五条
法第二十七条の農林水産省令で定める水産動植物は、あゆとする。
第六条
法第二十七条前段の規定による届出は、その業を開始しようとする日の三十日前までに、別記様式第四号による届出書を農林水産大臣に提出してしなければならない。
２ 法第二十七条前段又は法附則第二項の規定による届出をした者は、当該届出書の記載事項を変更しようとするときは、当該変更をしようとする事項を記載した届出書を農林水産大臣に提出しなければならない。
第七条
法第二十七条後段の規定による届出は、その業を廃止した日から十日以内に、その旨を記載した書面を農林水産大臣に提出してしなければならない。
（生産及び配付の指示）
第八条
法第二十八条の規定による指示は、水産動植物の生産についてする場合は当該水産動植物の種苗の種類及び生産数量又は生産方法を、水産動植物の種苗の配付についてする場合には、当該水産動植物の種苗の種類及び配付価格、配付方法、配付先別数量、又は時期別配付数量を記載した書面を交付してするものとする。
（報告の徴収）
第九条
総トン数二十トン以上の漁船の船長は、農林水産大臣が漁具の流失につき水産資源の保護培養のため必要と認めて報告すべき事項及び方法を告示して定めた場合には、当該定めに従つて報告しなければならない。
（罰則）
第十条
第一条の規定に違反した者は、二年以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第十一条
法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して前条の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同条の罰金刑を科する。
附 則 抄
１ この省令は、法の施行の日（昭和二十七年六月十六日）から施行する。
４ 左に掲げる省令は、廃止する。
一 水産資源枯渇防止法施行規則（昭和二十五年農林省令第六十六号）
二 水産資源枯渇防止法第三条第六項の規定により漁業の許可の取消を受けた漁船の乗組員及び作業員に対し支給すべき金額に関する省令（昭和二十五年農林省令第百三十二号）
附 則 （昭和五三年七月五日農林省令第四九号） 抄
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
附 則 （平成五年四月一日農林水産省令第一五号） 抄
（施行期日）
１ この省令は、公布の日から施行する。
附 則 （平成八年七月一〇日農林水産省令第三二号）
この省令は、法の施行の日（平成八年七月二十日）から施行する。
附 則 （平成八年一一月二九日農林水産省令第六五号）
この省令は、公布の日から施行する。
附 則 （平成八年一二月二七日農林水産省令第六九号）
この省令は、平成九年一月一日から施行する。
附 則 （平成一二年九月一日農林水産省令第八二号） 抄
（施行期日）
第一条
この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附 則 （平成一五年六月三〇日農林水産省令第六五号）
この省令は、平成十五年七月十四日から施行する。
附 則 （平成一七年一〇月五日農林水産省令第一〇八号）
この省令は、水産資源保護法及び持続的養殖生産確保法の一部を改正する法律の施行の日（平成十七年十月二十日）から施行する。
附 則 （平成一九年二月二日農林水産省令第二号）
（施行期日）
第一条
この省令は、公布の日から施行する。
（経過措置）
第二条
この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の水産資源保護法施行規則の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の水産資源保護法施行規則の様式によるものとみなす。
２ この省令の施行の際現にある旧様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附 則 （平成一九年一二月三日農林水産省令第九一号）
この省令は、平成二十年一月一日から施行する。
附 則 （平成二四年一二月一四日農林水産省令第五九号）
この省令は、平成二十五年一月一日から施行する。
附 則 （平成二八年一月二七日農林水産省令第三号）
この省令は、公布の日から起算して六月を経過した日から施行する。
別記様式第一号（第一条の三関係）
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別記様式第二号（第一条の四関係）
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別記様式第三号（第一条の八関係）
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別記様式第四号（第六条関係）
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